Po zasedbi Jugoslavije 1941 je Karlinovo aretiral gestapo, jo zaprl najprej h kapucinom nato pa v celjski Stari pisker, od koder so jo odpeljali v Maribor, zbirno taborišče za koncentracijska taborišča.

Prijateljica Thea je uporabila vse zveze, ki jih je imela v Rajhu in dosegla, da so Karlinovo izpustili. Kljub temu pa ves vojni čas nista imeli miru pred gestapovci in celjskimi kulturbundovci, Alma se je vedno bolj bala za svoje življenje, zato se je jeseni 1944 priključila partizanom. Z osvobojenega ozemlja v Beli Krajini je želela k Angležem v Italijo, a so jo partizani spustili le v Dalmacijo, od koder se je po končani vojni vrnila v Celje.

O medvojnem času je Karlinova sproti delala zapiske, ki jih je zbrala v tri zaokrožena besedila: Der Transport, Der Kampf mit dem Ortsgruppenführer Ewald Wrentschur in Bei den Partisanen. Objavljena so bila samo v slovenskem prevodu, l. 2007 pod naslovom Moji zgubljeni topoli.